Территория Индонезии составляет 1 919 440 км² (14 место по площади среди стран мира и первое среди стран Юго-Восточной Азии). Расположенная по обеим сторонам экватора на островах Малайского архипелага и западной части острова Новая Гвинея и омываемая водами Тихого и Индийского океанов, она является крупнейшим островным государством мира. В состав страны входит не менее 17 508 островов, из которых около 6000 обитаемы. Самые крупные острова Индонезии — Новая Гвинея, Калимантан, Суматра, Сулавеси (Целебес) и Ява. Также в составе страны встречаются в огромном количестве одиночные скалы и коралловые острова. С северо-западной стороны Индонезию от Малайзии и Сингапура отделяет Малаккский пролив и Южно-Китайское море, на северо-востоке от Филиппин — море Сулу, от Палау — Тихий океан, от Австралии — Тиморское и Арафурское моря. Протяженность сухопутной границы Индонезии — 2830 км. На острове Калимантан Индонезия граничит с Малайзией, расположенной на севере острова. Восток острова Новая Гвинея принадлежит государству Папуа-Новая Гвинея, а на восточной части острова Тимор располагается государство Восточный Тимор.